漠河县是全国气温最低的县份，属于寒温带大陆性季风气候。由于大陆及海洋季风交替影响，小气候变化多端，局部气候差异显著。冬季在极地大陆气团控制下，气候寒冷、干燥而漫长；夏季受副热带海洋气团的影响，降水集中，雨量充沛，气候湿热，日照时间长，适宜耐寒生作物生长，但易发生洪涝和低温冷害；春、秋两季，因冬夏季风交替，气候多变。春季多大风，降水偏少，物燥干旱，易发生森林火灾；秋季降温急剧，常有早霜和冻害发生。
 　 漠河县年平均气温在－5.5℃ 。各月平均气温在0℃ 以下的月份长达8个月之久。气温年较差为49.3℃ 。平均无霜期为86.2天。年平均降水量为460.8毫米，全年降水量70%以上集中在7月份。5～6月份为旱季，7～8月份为汛期。太阳辐射总量年平均为96～107千卡每平方厘米，日照时数为2377～2625小时。≥10℃的积温为1436～2062℃。
 　 漠河为多年连续冻土区，冻土最厚达100米以下，冻土融冻最浅的地方，最大融冻上界面仅20厘米左右。对本地的野生动植物的生存和生长，超过能耐受的低温极值，并成为限控因素。但对喜低温的耐寒的动植物，都是适宜的温度范围。