全县辖六镇(西林吉镇、图强镇、劲涛镇、兴安镇、北极镇、古莲镇)，西林吉镇是漠河县委、县政府(西林吉林业局)所在地，西林吉镇设4个社区，1个村委会；图强镇设4个居民委员会；劲涛镇设4个居民委员会；兴安镇1个社区，3个村民委员会和1个居民委员会；北极镇1个社区，3个村民委员会和1个居民委员会。